O tratamento secundário diverge normalmente de estação para estação podendo recorrer-se a dois métodos distintos de tratamento biológico, os quais são:
- Tratamento aeróbio, onde se podem utilizar, dependendo da característica do efluente, tanque de lamas activadas (o ar é insuflado com um arejador de superfície), lagoas arejadas com macrófitos, leitos perculadores ou biodiscos;
- Tratamento anaeróbio, onde podem ser utilizadas as lagoas ou digestores anaeróbios;
Na maioria das ETAR’s, o tratamento secundário é aeróbio, sendo por isso necessário promover o seu arejamento. Quando é utilizada esta técnica, o efluente contém, depois de concluído o tratamento secundário, uma grande quantidade de microorganismos que deverão passar por um processo de sedimentação nos chamados sedimentadores secundários. Depois de concluído o tratamento secundário a água contém, geralmente, níveis muito insignificativos de poluição, pelo que está já em condições de ser novamente lançada no meio ambiente receptor. Tal não deverá acontecer, no entanto, sem se efectuar a desinfecção das águas no que diz respeito aos níveis de fósforo e azoto, para evitar situações de eutrofização nos cursos de água receptores.
A realizar-se, o tratamento terciário deverá processar-se em tanques de arejamento, sendo adicionado oxigénio e microorganismos que irão decompor qualquer impureza que ainda persista. Este processo transforma essas impurezas em lamas, as quais serão tratadas em tanques específicos para serem novamente filtradas. Finalmente, na recta final do tratamento, a água residual é submetida a radiação ultravioleta, de modo a eliminarem-se, por completo, os microorganismos que possam subsistir. Terminado todo este processo, e se realizado nas devidas condições, o efluente estará pronto a ser lançado no curso de água, sem que para este advenha qualquer efeito poluente.
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